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Nucleus Labs

Libro blanco · Septiembre de 2026

Predicción poligénica de estatura, IMC e inteligencia dentro de las familias

Reconsiderando la limitada utilidad del cribado de embriones

Equipo científico de Nucleus Genomics

Resumen

En 2019, Karavani et al. (1) evaluaron el cribado poligénico de embriones utilizando las puntuaciones insignia de la época y concluyeron que el cribado tenía una utilidad limitada. Los modelos de rasgos Nucleus Vitruvian reconsideran ese veredicto. Desarrollados con SBayesRC, un marco bayesiano que analiza conjuntamente ~7 millones de variantes con anotaciones genómicas funcionales, alcanzan precisiones intrafamiliares del 43 % de la varianza de la estatura, el 18 % de la varianza del IMC y el 19 % de la varianza de la inteligencia. Según la fórmula de Karavani et al., la diferencia esperada entre la puntuación más alta y la más baja de cinco embriones utilizando los modelos de rasgos Nucleus Vitruvian es de ~7.5 cm (3.0 in) en estatura, ~10.8 puntos de CI y ~5.2 kg/m² en IMC. Las diferencias correspondientes para las puntuaciones de 2019, en la misma escala intrafamiliar, fueron de ~5.2 cm, ~5.4 puntos de CI y ~3.7 kg/m². Además, los modelos de Nucleus superan las puntuaciones académicas insignia entrenadas con tamaños de muestra hasta casi cuatro veces mayores.

Modelos vitruvianos Nucleus

Las asociaciones genéticas base utilizadas en Nucleus PGS se derivan de estudios de asociación del genoma completo (GWAS, por sus siglas en inglés), los cuales evalúan millones de variantes genéticas comunes para determinar su asociación con el estado de un rasgo. Para todos los biobancos con datos individuales disponibles, Nucleus realiza GWAS utilizando REGENIE (2), un marco de regresión de genoma completo basado en aprendizaje automático con regresión ridge y predicciones dejando un cromosoma fuera (LOCO) para tomar en cuenta el fondo poligénico y controlar la estructura poblacional y el parentesco. Las asociaciones de GWAS a través de múltiples biobancos, incluidos FinnGen (3), Million Veteran Program (4) y UK Biobank (5), se someten a un metanálisis para mejorar la precisión de las estimaciones del tamaño del efecto de las variantes.


Posteriormente, los modelos de rasgos de Nucleus se construyen a partir de estas asociaciones con SBayesRC (6), un marco bayesiano completo que analiza conjuntamente ~7 millones de variantes comunes imputadas con 96 anotaciones genómicas funcionales, en lugar del subconjunto de ~1 millón de HapMap3 utilizado por la mayoría de las puntuaciones publicadas. En las pruebas comparativas, SBayesRC mejora la precisión de la predicción en un 14% respecto a SBayesR y supera a LDpred-funct, MegaPRS y PRS-CSx, obteniendo las mayores mejoras relativas en aplicaciones interancestrales (6). La cobertura del genoma y las probabilidades a priori funcionales compensan con creces el conjunto de entrenamiento más pequeño: los modelos de estatura e IMC de Nucleus se entrenan utilizando datos de asociación de ~1.4 millones de personas, menos de un tercio de los datos de entrenamiento detrás de las mejores puntuaciones académicas actuales en este campo (7,8), y aun así superan su desempeño intrafamiliar. El PGS de inteligencia de Nucleus se entrenó utilizando datos de asociación de ~500,000 personas.


Las puntuaciones se evaluaron en una cohorte de ~40,000 hermanos procedentes de ~20,000 pares de hermanos de ascendencia europea en UK Biobank, excluyendo del desarrollo de las puntuaciones a las personas de validación y a sus familiares con un coeficiente de parentesco KING superior a 0.0442. La estatura y el peso se tomaron de la visita inicial al centro de evaluación (campos de datos 50 y 21002), calculando el IMC como peso/estatura². Para la inteligencia, el desempeño se evaluó utilizando la primera aplicación presencial de la prueba de razonamiento verbal-numérico (VNR) de UK Biobank (campo de datos 20016), y se ajustó según la confiabilidad test-retest siguiendo a Wolfram et al. (9).

Tabla 1. Varianza explicada (R²) por fuente, escala poblacional vs. intrafamiliar.

Rasgo

Puntaje

Entrenamiento N

R² poblacional

R² intrafamiliar

Altura

Karavani 2019 PGS (1)

~0.7 M

0.248

0.205 (ajustado)

Altura

Yengo 2022 (7)

~5.4 M

0.40–0.447

0.33 (medido)

Altura

Núcleo

~1.4 M

0.428

0.428 (medido)

IMC

Smit 2025 (8)

~5.1 M

0.176

0.163 (a escala)

IMC

Núcleo

~1.4 M

0.190

0.178 (medido)

CI

PGS de Karavani 2019 (GWAS de Savage 2018; probado en ASPIS) (1,10)

~0.24 M

0.043 → 0.071

0.048 (a escala)

CI

Multirrasgo MTAG (Lee 2018 / Allegrini 2019; probado en TEDS) (11,12)

Rendimiento cognitivo 0.26M + EA3 1.13M + nivel más alto de matemáticas 0.43M + habilidad matemática 0.565M

0.11 → 0.18

0.122 (escalado)

CI

van den Berg 2025 FI-imputado (probado en INTERVAL) (13)

~0.49 M

0.058 → 0.095

0.065 (escalado)

CI

Núcleo

~0.5 M

0.238

0.191 (medido)

«Medido» = valor estimado directamente dentro de la familia (entre hermanos o controlado por el genotipo parental); «escalado» = R² poblacional × el cuadrado de la razón de efecto directo a poblacional reportada por Okbay et al. (14) para los PGI reales (estatura 0.910² = 0.83, IMC 0.962² = 0.93, rendimiento cognitivo 0.824² = 0.68), utilizado aquí para trasladar los PGS a escala poblacional publicados a la escala intrafamiliar. El R² intrafamiliar denota δ², el coeficiente de efecto directo estandarizado al cuadrado en unidades de DE poblacionales. Los valores de R² poblacional e intrafamiliar del CI se reportan en la escala de habilidad cognitiva latente tras el ajuste por confiabilidad test-retest. No se encontraron confiabilidades publicadas para las puntuaciones compuestas de TEDS o ASPIS, por lo que la confiabilidad test-retest del VNR del UK Biobank de 0.607 (9,15) se aplica a todas las puntuaciones académicas. Dado que cada una de estas puntuaciones compuestas reúne cuatro pruebas distintas (1,16), mientras que el VNR es una sola prueba de 13 ítems (15), es probable que esta convención tienda a sobrestimar la precisión de las puntuaciones académicas. Para INTERVAL, el fenotipo validado es el promedio de dos aplicaciones de esa misma prueba realizadas con 12 meses de diferencia (correlación entre aplicaciones de 0.65 (13)); la confiabilidad del promedio de dos pruebas supera la de una sola prueba (≈0.79), por lo que aplicar 0.607 aquí también tiende a sobrestimar la precisión de la puntuación. Las regresiones controladas por genotipo parental de la puntuación de van den Berg en la cohorte infantil de ALSPAC arrojan un R² intrafamiliar ≈ 0.026–0.029 (13), por debajo de su valor escalado según Okbay aquí (0.065), lo cual es consistente con una atenuación intrafamiliar más fuerte en cohortes infantiles. Las razones de Okbay para adultos se aplican de manera uniforme con fines de comparabilidad.

En cuanto a la inteligencia, la heredabilidad estimada de SNP intrafamiliar proporciona un contexto útil para interpretar el rendimiento de las puntuaciones. Tan et al. estiman la heredabilidad de SNP intrafamiliar del rendimiento cognitivo medido en ≈0.188, lo que corresponde a ≈0.31 en la escala latente tras el ajuste por una confiabilidad test-retest de 0.607 (9,17). La mejor puntuación académica comparable captura aproximadamente el 39% de la varianza genética común en la capacidad cognitiva latente, mientras que el R² intrafamiliar de 0.19 de Nucleus captura aproximadamente el 62%.


La dispersión esperada del cribado de embriones se puede calcular directamente a partir de la R intrafamiliar multiplicando por dos la fórmula de ganancia esperada de Karavani et al. La diferencia esperada entre la puntuación más alta y la más baja de n embriones es

E[spread] = √2 · δ · σ · E[Z(n)]

donde δ es el efecto directo estandarizado de la puntuación (el coeficiente de regresión intrafamiliar del fenotipo respecto a la puntuación, ambos en unidades de DE poblacional), σ es la desviación estándar del rasgo y E[Z(n)] es el valor esperado del mejor de n extracciones aleatorias de una distribución normal estándar (1,18). La ganancia esperada de seleccionar el embrión con la puntuación más alta en lugar del embrión promedio es exactamente la mitad de la dispersión esperada.

Tabla 2. Diferencia esperada entre la puntuación más alta y la más baja de n embriones.

Rasgo

Puntuación (R² dentro de la familia)

δ

n = 5

n = 10

CI

Karavani 2019 PGS (0.048)

0.22

5.4 pts.

7.2 pts.

CI

MTAG multirrasgo (0.122)

0.35

8.6 pts.

11.4 pts

CI

van den Berg 2025 (0.065)

0.25

6.3 pts.

8.3 pts.

CI

Núcleo (0.191)

0.44

10.8 pts.

14.3 pts.

Altura

Karavani 2019 PGS (0.205)

0.45

5.2 cm

6.9 cm

Altura

Yengo 2022 (0.33)

0.57

6.6 cm

8.7 cm

Altura

Núcleo (0.428)

0.65

7.5 cm

10.0 cm

IMC

Selzam 2019 PGS (0.090)

0.30

3.7 kg/m²

4.9 kg/m²

IMC

Smit 2025 (0.163)

0.40

5.0 kg/m²

6.6 kg/m²

IMC

Núcleo (0.178)

0.42

5.2 kg/m²

6.9 kg/m²

Las diferencias se calculan con la fórmula exacta anterior a partir del R² intrafamiliar de cada puntuación (entre paréntesis; σ: CI = 15; estatura = 7.0 cm; IMC = 7.5 kg/m²; E[Z(5)] = 1.163, E[Z(10)] = 1.539). La ganancia esperada al seleccionar el embrión con la puntuación más alta es exactamente la mitad de la diferencia esperada. Las proyecciones publicadas por Karavani et al. (≈2.5 cm / ≈2.5 puntos de CI de ganancia esperada con n = 5) utilizaron una precisión a escala poblacional; sus diferencias esperadas se han calculado utilizando la escala intrafamiliar. No analizaron el IMC, por lo que la fila de IMC de 2019 utiliza el β intrafamiliar medido directamente por Selzam et al. para el PGS de Yengo 2018.

Discusión

En 2019, Karavani et al. evaluaron la selección poligénica de embriones mediante teoría, simulaciones de descendencia de parejas reales y emparejadas al azar, y datos de 28 familias nucleares numerosas (1). Su PGS de estatura explicó el 24.8% de la varianza fenotípica (r ≈ 0.50; GWAS N ≈ 700,000 (19)) y su PGS de capacidad cognitiva explicó el 4.3% (r ≈ 0.21; GWAS N ≈ 235,000 (10)). Karavani et al. derivaron una fórmula para la ganancia esperada de seleccionar el embrión con la puntuación más alta entre n embriones, la cual, junto con sus simulaciones, proyectó ganancias medias de ≈2.5 cm y ≈2.5 puntos de CI al seleccionar el embrión con la puntuación más alta entre cinco embriones en comparación con el embrión promedio. Esto se traduce en diferencias esperadas de ≈5 cm y ≈5 puntos de CI entre el embrión con la puntuación más alta y el de la más baja entre cinco embriones. La fórmula establece además que las ganancias y las diferencias en los rasgos son directamente proporcionales a la r de la puntuación. Karavani et al. concluyeron entonces que el cribado de embriones humanos para rasgos poligénicos tiene una utilidad limitada.


Las proyecciones de Karavani et al. de 2019 utilizaron los mejores PGS disponibles en ese momento. Al recalcular con el mismo escalamiento dentro de la familia en el marco actual de R² dentro de la familia, las puntuaciones actualizadas ahora arrojan diferencias esperadas mayores. La precisión de los PGS se reporta convencionalmente entre familias, donde la puntuación captura no solo los efectos genéticos directos, sino también los indirectos (crianza genética, apareamiento selectivo y estratificación poblacional), que son predictivos de la varianza ambiental. Estos efectos indirectos no predicen las diferencias de rasgos dentro de una familia donde los hermanos comparten un entorno. Okbay et al. estimaron directamente la razón de efectos directos a poblacionales para PGI reales en 0.910 para la estatura, 0.962 para el IMC y 0.824 para el rendimiento cognitivo (14). Al elevar estas razones al cuadrado se obtiene 83%, 93% y 68%, las cuales usamos como razones de atenuación a nivel de rasgo para trasladar el R² del PGS a escala poblacional al R² dentro de la familia. Al aplicar este escalamiento al PGS de Karavani et al., su R² de estatura del 24.8% y su R² de CI del 4.3% (7.1% en la escala latente tras la corrección de fiabilidad) corresponden a un R² dentro de la familia del 21% y del 4.8%. Estos dan como resultado una diferencia esperada de estatura entre el embrión con la puntuación más alta y el de la más baja entre cinco embriones de ≈5.2 cm, y una diferencia esperada de CI de ≈5.4 puntos. Karavani et al. no analizaron el IMC; el punto de referencia de 2019 es la validación dentro de la familia de Selzam et al. de la puntuación de Yengo 2018 (β = 0.30 en pares de gemelos dicigóticos) (16,19), correspondiente a una diferencia esperada de ≈3.7 kg/m² entre cinco embriones. Los análisis de hermanos y de genotipo parental de otras puntuaciones publicadas confirman una atenuación sustancial dentro de la familia para las puntuaciones cognitivas y una atenuación más leve para la estatura y el IMC (16,20–22).


La relación lineal entre la ganancia de selección y δ significa que la precisión dentro de la familia es la cantidad predictiva clave para la selección poligénica de embriones. Por consiguiente, la diferencia esperada de CI a partir de la mejor puntuación académica pasó de ≈5.4 puntos en 2019 a ≈8.6 puntos en 2026, mientras que la estatura pasó de ≈5.2 a ≈6.6 cm. Los modelos de Nucleus arrojan diferencias esperadas de ≈10.8 puntos de CI y ≈7.5 cm de estatura: el doble de la diferencia de CI y aproximadamente 1.5 veces la diferencia de estatura proyectadas por Karavani et al. en 2019.

Conclusión

Los modelos Nucleus Vitruvian logran una predicción intrafamiliar sustancialmente mayor que las mejores puntuaciones académicas comparables. En un conjunto de cinco embriones, estos modelos ofrecen una variación esperada de ≈10.8 puntos de CI, ≈7.5 cm de estatura y ≈5.2 kg/m² de IMC, en comparación con los ≈8.6 puntos, ≈6.6 cm y ≈5.0 kg/m² de las puntuaciones académicas. Todas las precisiones se calculan en cohortes de ascendencia predominantemente europea, bajo las convenciones publicadas de confiabilidad y atenuación intrafamiliar descritas anteriormente.

Referencias

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